Ещё в январе "Эйр Астана" заявила о запуске воздушных перевозок между Астаной и Улан-Батором. Разрешение на полёты авиакомпания получила в марте, но уже в апреле монгольская сторона передумала. "Эйр Астана" призывает авиационные власти Монголии пересмотреть решение об отзыве разрешения на полёты и признать причины для такого решения не только необоснованными, но и нарушающими практику давно существующих международных стандартов гражданской авиации. 

"Причины, по которым монгольская сторона так поступает, абсолютно необоснованны. Во-первых, "Эйр Астане" никогда не было запрещено выполнять полёты ни в одну страну за все 14 лет успешной деятельности. Во-вторых, компания успешно прошла аудит операционной безопасности, не получив ни одного замечания. И в-третьих, действует требуемый юридически обязательный межправительственный договор по выполнению рейсов между Казахстаном и Монголией", - сообщает пресс-служба авиакомпании.

При этом авиаперевозчик сообщает, что применяет 20 из 45 одобренных актов, полученных от регламентирующих органов, многие из которых являются лидерами по вопросам контроля безопасности. В этой связи авиакомпания готова разбираться по любому вопросу касательно улучшения операционной безопасности.

В начале мая "Эйр Астана" сообщила, что вынуждена отменить рейсы между столицами Казахстана и Монголии, запланированные со 2 июня 2016, в связи с необоснованным отзывом разрешения авиационными властями Монголии.

Плата за пролёт над территорией РФ, составляющий менее 300 км (15 минут полёта), стала предметом разногласия между авиационными властями России и Казахстана. В связи с чем рейсы из Астаны в Улан-Батор авиакомпанией "Эйр Астана" были отменены. В авиакомпании пояснили, что речь идёт не столько о выплате роялти, сколько о попытке установить необоснованные права на перевозки. 

В марте сообщалось, что авиакомпания получила разрешение на полёты в Москву, которые оказались на грани срыва в связи с отказом в выдаче разрешений на пролёт российскими авиационными властями. Хотя разрешения на пролёт в другие города России были получены.