Впервые об экономических преступлениях, совершенных высокопоставленными сотрудниками КТЖ, Генпрокуратура сообщила в июне 2002 года. Тем летом по подозрению в коррупции был задержан тогда еще министр транспорта и коммуникаций Казахстана Аблай Мырзахметов. Его обвинили в злоупотреблении служебными полномочиями в период работы руководителем КТЖ, в связи с чем в Генеральной прокуратуре возбудили 37 уголовных дел по итогам проверки финансовой деятельности нацкомпании за период с 1997 по 2001 год.
Вместе с Аблаем Мырзахметовым в те дни на скамье подсудимых оказались еще девять сотрудников КТЖ. Их обвинили по пяти статьям Уголовного кодекса: в создании организованной преступной группы, присвоении и растрате вверенного чужого имущества, подделке документов, лжепредпринимательстве, легализации денежного и иного имущества, приобретенного незаконным путем. Процесс проходил в Верховном суде Казахстана и растянулся на пять месяцев, материалы уголовного дела составили 120 томов.
В марте 2003 года решением президента страны Аблай Мырзахметов был отстранен от должности министра транспорта и коммуникаций до завершения следствия. В своем последнем слове подсудимый Мырзахметов заявил, что ни в чем себя виновным не считает, и обратился к суду с просьбой оправдать его. Обвинения Ген-прокуратуры он расценил как «скоропалительные», указав, что не приведено ни одного доказательства того, что руководство КТЖ якобы создавало лжепредприятия для уклонения от налогообложения.
Гособвинение потребовало приговорить бывшего министра к 10 годам лишения свободы в колонии строгого режима с конфискацией имущества. В итоге Верховный суд назначил наказание экс-министру в виде 5 лет лишения свободы условно с конфискацией имущества.
В марте 2005 года Мырзахметов неожиданно для всех возглавил Союз торгово-промышленных палат Республики Казахстан. Поговаривают, что это решение было санкционировано чуть ли не с благосло-вения «Ак Орды». В том же 2005 году Мырзахметов заявил о намерении подать апелляцию в президиум Верховного суда на свой судебный приговор. Что из этого вышло, об этом Мырзахметов впоследствии ничего не сообщил. А в апреле 2007 года он снова заставил говорить о себе, подав в отставку с поста президента Торгово-промышленной палаты страны – «в связи с семейными обстоятельствами». Члены ТПП приняли заявление и назначили новым руководителем палаты Ерлана Кожасбая.
Где сейчас Аблай Мырзахметов, почему он не появляется на общественной сцене – неизвестно.
Очередная коррупционная мина в КТЖ взорвалась в июне 2007 года, когда Генпрокуратура Казахстана снова выявила там грубые нарушения законов. Так, по данным Генпрокуратуры, ряд членов правления КТЖ незаконно получили бонусов и премий на сумму свыше 331 миллиона тенге, хотя убытки нацкомпании на тот период составили 17 миллиардов тенге. В итоге Генпрокуратура возбудила против высокопоставленных сотрудников КТЖ 21 уголовное дело. И тоже по фактам проверки финансово-хозяйственной деятельности компании.
Как заявляли в Генпрокуратуре, в данных материалах фигурировал и Ерлан Атамкулов, возглавивший КТЖ после Аблая Мырзахметова. А чуть позже состоялась внезапная отставка Атамкулова, причем без публичного объяснения ее причин. Атамкулов ушел по-английски, не попрощавшись, не подтвердив, но и не опровергнув достоверность прозвучавших в его адрес коррупционных обвинений. Помнится, отдельные СМИ на прощание выкинули парочку материалов в стиле компромата. В частности, в этих статьях утверждалось, что под прикрытием разгосударствления КТЖ Атамкулов и его команда будто бы размотали железнодорожное государственное имущество в частные руки по копеечным ценам, из-за чего теперь государство вынуждено переплачивать за услуги, оказываемые новыми владельцами казенного имущества. Сейчас Ерлан Атамкулов «приземлился» в кресло одного из основных акционеров Казахстанской академии транспорта и коммуникаций им. Тынышпаева.
Крушение репутации КТЖ продолжилось в 2008 году. В апреле сотрудники финполиции арестовали Жаксыбека Кулекеева, сменившего Атамкулова. И почти сразу же его место занял новый шеф КТЖ Аскар Мамин. Эта кадровая замена была проведена вопреки понятию «презумпция невиновности», ведь в то время суд не просто не вынес обвинительный приговор по делу Кулекеева – он даже не начался.
Судебное разбирательство длилось несколько месяцев. Тем временем руководство КТЖ обнародовало факты завышения частными перевозчиками цен на железнодорожные билеты. В свою очередь, незаконное подорожание проезда состоялось с легкой руки руководства АО «Пассажирские перевозки», потворствовавшего частным ж/д перевозчикам. В результате служебного расследования несколько менеджеров «Пассажирских перевозок» поплатились своими должностями. И хотя вице-президент АО «НК «Казахстан темир жолы» Ермек Кизатов признал нелицеприятные факты, но подмоченную репутацию компании это не спасло.
